miRBey
Aktif Üye
Araştırma: İnsan ile muz DNA’sı yüzde 41 benzerlik gösteriyor
Popular Science Türkiye’nin aktardığı habere nazaran kelam konusu bilgi, ABD Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü‘nün 2013 yılında yürüttüğü bir programdan geliyor. Ama benzeri bilgiler öbür yerlerde de ortaya çıkmış olabilir.
Genetik uzmanı Dr. Lawrence Brody tarafınca yürütülen bu çalışma, birçok bilimsel araştırmanın tersine yayımlanmadı. Bunun yerine, Smithsonian Tabiat Tarihi Müzesinin ‘Canlandırılmış Genom’ isimli eğitim görüntüsünde kullanıldı. Bu görüntüde, bir insan ile muz DNA’sının ‘yüzde 41 benzerlik’ taşıdığı belirtiliyor.
Beşere karşılık muz
Bu benzerliğin nasıl belirlendiğini anlamak için Dr. Brody’ye göre birinci olarak, DNA ile protein eserleri içindeki farkı anlamakta fayda var. Brody’e göre bunu yapmanın kolay bir yolu var: DNA’yı bir konutun projesi biçiminde düşünürsek, protein mamüllerini de gerçek mesken biçiminde düşünebiliriz zira ayrıntıların tamamı orada bulunuyor.
Akabinde, insan DNA’sını bir apartmanın projesi ve muz DNA’sını da tek katlı bir konutun projesi biçiminde düşünün. Konutların her birinde bir sürü şey (su tesisatı, banyo, mutfak) pek benzeridir lakin en son eserler hayli farklıdır. Beşerler ile muzlardan şempanzelere kadar neredeyse her şeyin farkı bu türlü işler.
Akılda tutulması gereken ikinci şey ise, DNA’nın kelam konusu proteinleri kodlayan bölgeleri olan genlerin, DNA’nızın sırf yüzde 2’sini meydana getirmesidir.
Bu özel deneyde bilim insanları, birinci vakit içinderda kolay bir muz genomundaki genlerin dizilimlerini incelemişler. “Ardından bu DNA dizilimlerini kullanarak, kelam konuu genlerden yapılacak tüm proteinlerin amino asit dizilimini varsayım ettik” diyor Brody ve bu protein dizilimlerinin bir belgeye yerleştirildiğini belirtiyor. “Ardından tıpkı süreci bütün insan genlerinde yenidenladık.”
Bilim insanları sonrasındasında her bir muz geninden alınan protein dizilimini, insan genlerinin tümüyle karşılaştırmış. “Yazılım karşılaştırma yaparak, muz genlerindeki dizilimin insanlardaki her bir tekrar kadar benzediğini belirliyor” diyor Brody ve bu benzerlik derecesinin 0’dan yüzde 100’e kadar değişebileceğini belirtiyor.
Toplamda 4 milyonu aşkın karşılaştırma yapılmış ve iki genom içindeki en düzgün eşleşmelerin yaklaşık7 bin tane olduğu bulunmuş. Akabinde, bu eşleşmelerin her birine dönük yüzdelik benzerlik puanının ortalaması çıkarılmış. “bu biçimdelikle, yüzde 40’lık bir sonuç elde ettik” diyor Brody. “Bu bedel, proteinler yani gen eserleri içindeki ortalama benzerliği temsil ediyor; genler içindeki değil”.
Gen eserleri yahut proteinler, bir genin fonksiyon göstermesinden kaynaklanan biyokimyasal hususlar. “elbet genomumuzda, muz genomunda tanınabilen bir karşılığı olmayan epeyce fazla gen vardır. Bunlar muzda da vardır”.
Bu bilgiyi hazmetmek biraz güç geldiyse, sizin için biraz daha sıradanleştirelim. Bilim insanları aslında muz genlerinin hepsini almış ve bunları insan genleriyle teker teker karşılaştırmış. Buradan da bir benzerlik derecesi çıkarmışlar (eğer muzdaki bir gen beşerde bulunmadıysa, bu gen sayılmamış). Genlerimizin yaklaşık yüzde 60’ı, muz genomunda tanınabilen bir karşılığa sahip.
Brody şu biçimde ekliyor: “Bu yüzde 60’lık kısmın kodladığı proteinler, insan proteininin amino asit dizilimini muzdaki karşılığıyla kıyasladığımızda şimdi yüzde 40 aynı”
İnsan ve muz üzere bu biçimdesine farklı şeylerde bu kadar fazla genin benzeri olması şaşırtan gelebilir. Lakin aslında değil. “Eğer yaşamak için bizim ve bir muzun neler yaptığını düşünürseniz, oksijen tüketmek üzere tıpkı biçimde yaptığımız bir sürü şey olduğunu görürsünüz. Bu genlerin birçoğu, aslında hayatın temelini oluşturuyor” diyor Brody.
‘Hepimiz akrabayız’
ötürüsıyla beşerler duydukları bu yüzdelik kısmı ‘DNA benzerliği’ formunda söz etse de, araştırmada incelenen şey aslında gen mamüllerinin benzerliği. “Fakat bu çok ufak bir hata” diyor Dr. Brody. “Buradan çıkarılan ana fikre bakılırsa bir muz, bir patates ve bir palmiye ağacıyla ortak istikametlere sahibiz. Bu kısmı hakikat. Gen eserleri yahut DNA konusundaki hassas nokta ise bunun nasıl (hatalı biçimde) çeviri edileceğini görmenin sıkıntı olmaması”.
Bu yüzden bir bilim insanı bir muzun DNA dizilimine bakar ve onu bir insanın DNA’sıyla karşılaştırırsa, dizilim uyuşmaz. Georgia Üniversitesinde biyoenformatik doktora öğrencisi olan Mike Frances, gönderdiği bir e-postada şu biçimde yazıyor: “DNA’nızın yüzde 50’sini ebeveynlerinizle paylaşıyorsunuz. Ama muzlar ile genlerimizin yaklaşık yüzde 50’sini paylaşıyoruz ki bu da DNA’mızın sırf yüzde 1 kadar”.
Daha evvel söylemiş olduğimiz üzere, genler DNA’mızın yalnızca yüzde 2’sini oluşturuyor. Pekala öbür yüzde 98 nelerden meydana geliyor?
DNA’nızın geri kalan yüzde sekizi, genleri düzenliyor (bir genin açılmasını mı yoksa kapanması mı gerektiği üzere şeyleri). Öteki yüzde 90’ın ise bilinmeyen fonksiyonlara yahut evrimde kaybolan fonksiyonlara sahip olduğu görülüyor. “DNA’nın bu bilinmeyen kısımları, yaygın olarak ‘çöp DNA’ biçiminde isimlendiriliyor zira hiç bir şey yapmadıkları düşünülüyor. Ben ‘Çöp DNA’ sözünü kullanmaktan çekiniyorum zira bu ‘çöpün’ aslında faaliyet gösterdiğini her yıl daha fazla fark ediyoruz üzere görünüyor” diyor Francis.
Beşerler DNA’larının büyük bir yüzdesini muzlarla paylaşmakla kalmıyor; yüzde 85’ini bir fareyle ve yüzde 61’ini de bir meyve sineğiyle paylaşıyor. “Evrimsel süreçte epeyce uzakta olmamıza karşın, hala ortak bir ceddin genomunda ortak bir imza bulabiliyoruz” diyor Brody. “Bunlar koruma edilmiş zira milyarlarca yıl evvel yaşayan bir canlının genomu, hücrelerin yaşayıp çoğalmasına yardımcı olan genler taşıyormuş. Bu tıpkı genler, bizde ve bitkilerde de korunuyor.”
Francis, insanların DNA’larının yaklaşık yüzde 1’ini muhtemelen öbür meyvelerle de paylaştığını belirtiyor. Francis, “Bunun niçini, Dünya’daki bütün hayatın yaklaşık 1,6 milyar yıl evvel ortaya çıkan tek bir hücreden evrimleşmiş olması” diyor ve ekliyor:“Bir bakıma, hepimiz akrabayız!”
Haber Sitelerinden Alıntı Yapılmıştır.
Popular Science Türkiye’nin aktardığı habere nazaran kelam konusu bilgi, ABD Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü‘nün 2013 yılında yürüttüğü bir programdan geliyor. Ama benzeri bilgiler öbür yerlerde de ortaya çıkmış olabilir.
Genetik uzmanı Dr. Lawrence Brody tarafınca yürütülen bu çalışma, birçok bilimsel araştırmanın tersine yayımlanmadı. Bunun yerine, Smithsonian Tabiat Tarihi Müzesinin ‘Canlandırılmış Genom’ isimli eğitim görüntüsünde kullanıldı. Bu görüntüde, bir insan ile muz DNA’sının ‘yüzde 41 benzerlik’ taşıdığı belirtiliyor.
Beşere karşılık muz
Bu benzerliğin nasıl belirlendiğini anlamak için Dr. Brody’ye göre birinci olarak, DNA ile protein eserleri içindeki farkı anlamakta fayda var. Brody’e göre bunu yapmanın kolay bir yolu var: DNA’yı bir konutun projesi biçiminde düşünürsek, protein mamüllerini de gerçek mesken biçiminde düşünebiliriz zira ayrıntıların tamamı orada bulunuyor.
Akabinde, insan DNA’sını bir apartmanın projesi ve muz DNA’sını da tek katlı bir konutun projesi biçiminde düşünün. Konutların her birinde bir sürü şey (su tesisatı, banyo, mutfak) pek benzeridir lakin en son eserler hayli farklıdır. Beşerler ile muzlardan şempanzelere kadar neredeyse her şeyin farkı bu türlü işler.
Akılda tutulması gereken ikinci şey ise, DNA’nın kelam konusu proteinleri kodlayan bölgeleri olan genlerin, DNA’nızın sırf yüzde 2’sini meydana getirmesidir.
Bu özel deneyde bilim insanları, birinci vakit içinderda kolay bir muz genomundaki genlerin dizilimlerini incelemişler. “Ardından bu DNA dizilimlerini kullanarak, kelam konuu genlerden yapılacak tüm proteinlerin amino asit dizilimini varsayım ettik” diyor Brody ve bu protein dizilimlerinin bir belgeye yerleştirildiğini belirtiyor. “Ardından tıpkı süreci bütün insan genlerinde yenidenladık.”
Bilim insanları sonrasındasında her bir muz geninden alınan protein dizilimini, insan genlerinin tümüyle karşılaştırmış. “Yazılım karşılaştırma yaparak, muz genlerindeki dizilimin insanlardaki her bir tekrar kadar benzediğini belirliyor” diyor Brody ve bu benzerlik derecesinin 0’dan yüzde 100’e kadar değişebileceğini belirtiyor.
Toplamda 4 milyonu aşkın karşılaştırma yapılmış ve iki genom içindeki en düzgün eşleşmelerin yaklaşık7 bin tane olduğu bulunmuş. Akabinde, bu eşleşmelerin her birine dönük yüzdelik benzerlik puanının ortalaması çıkarılmış. “bu biçimdelikle, yüzde 40’lık bir sonuç elde ettik” diyor Brody. “Bu bedel, proteinler yani gen eserleri içindeki ortalama benzerliği temsil ediyor; genler içindeki değil”.
Gen eserleri yahut proteinler, bir genin fonksiyon göstermesinden kaynaklanan biyokimyasal hususlar. “elbet genomumuzda, muz genomunda tanınabilen bir karşılığı olmayan epeyce fazla gen vardır. Bunlar muzda da vardır”.
Bu bilgiyi hazmetmek biraz güç geldiyse, sizin için biraz daha sıradanleştirelim. Bilim insanları aslında muz genlerinin hepsini almış ve bunları insan genleriyle teker teker karşılaştırmış. Buradan da bir benzerlik derecesi çıkarmışlar (eğer muzdaki bir gen beşerde bulunmadıysa, bu gen sayılmamış). Genlerimizin yaklaşık yüzde 60’ı, muz genomunda tanınabilen bir karşılığa sahip.
Brody şu biçimde ekliyor: “Bu yüzde 60’lık kısmın kodladığı proteinler, insan proteininin amino asit dizilimini muzdaki karşılığıyla kıyasladığımızda şimdi yüzde 40 aynı”
İnsan ve muz üzere bu biçimdesine farklı şeylerde bu kadar fazla genin benzeri olması şaşırtan gelebilir. Lakin aslında değil. “Eğer yaşamak için bizim ve bir muzun neler yaptığını düşünürseniz, oksijen tüketmek üzere tıpkı biçimde yaptığımız bir sürü şey olduğunu görürsünüz. Bu genlerin birçoğu, aslında hayatın temelini oluşturuyor” diyor Brody.
‘Hepimiz akrabayız’
ötürüsıyla beşerler duydukları bu yüzdelik kısmı ‘DNA benzerliği’ formunda söz etse de, araştırmada incelenen şey aslında gen mamüllerinin benzerliği. “Fakat bu çok ufak bir hata” diyor Dr. Brody. “Buradan çıkarılan ana fikre bakılırsa bir muz, bir patates ve bir palmiye ağacıyla ortak istikametlere sahibiz. Bu kısmı hakikat. Gen eserleri yahut DNA konusundaki hassas nokta ise bunun nasıl (hatalı biçimde) çeviri edileceğini görmenin sıkıntı olmaması”.
Bu yüzden bir bilim insanı bir muzun DNA dizilimine bakar ve onu bir insanın DNA’sıyla karşılaştırırsa, dizilim uyuşmaz. Georgia Üniversitesinde biyoenformatik doktora öğrencisi olan Mike Frances, gönderdiği bir e-postada şu biçimde yazıyor: “DNA’nızın yüzde 50’sini ebeveynlerinizle paylaşıyorsunuz. Ama muzlar ile genlerimizin yaklaşık yüzde 50’sini paylaşıyoruz ki bu da DNA’mızın sırf yüzde 1 kadar”.
Daha evvel söylemiş olduğimiz üzere, genler DNA’mızın yalnızca yüzde 2’sini oluşturuyor. Pekala öbür yüzde 98 nelerden meydana geliyor?
DNA’nızın geri kalan yüzde sekizi, genleri düzenliyor (bir genin açılmasını mı yoksa kapanması mı gerektiği üzere şeyleri). Öteki yüzde 90’ın ise bilinmeyen fonksiyonlara yahut evrimde kaybolan fonksiyonlara sahip olduğu görülüyor. “DNA’nın bu bilinmeyen kısımları, yaygın olarak ‘çöp DNA’ biçiminde isimlendiriliyor zira hiç bir şey yapmadıkları düşünülüyor. Ben ‘Çöp DNA’ sözünü kullanmaktan çekiniyorum zira bu ‘çöpün’ aslında faaliyet gösterdiğini her yıl daha fazla fark ediyoruz üzere görünüyor” diyor Francis.
Beşerler DNA’larının büyük bir yüzdesini muzlarla paylaşmakla kalmıyor; yüzde 85’ini bir fareyle ve yüzde 61’ini de bir meyve sineğiyle paylaşıyor. “Evrimsel süreçte epeyce uzakta olmamıza karşın, hala ortak bir ceddin genomunda ortak bir imza bulabiliyoruz” diyor Brody. “Bunlar koruma edilmiş zira milyarlarca yıl evvel yaşayan bir canlının genomu, hücrelerin yaşayıp çoğalmasına yardımcı olan genler taşıyormuş. Bu tıpkı genler, bizde ve bitkilerde de korunuyor.”
Francis, insanların DNA’larının yaklaşık yüzde 1’ini muhtemelen öbür meyvelerle de paylaştığını belirtiyor. Francis, “Bunun niçini, Dünya’daki bütün hayatın yaklaşık 1,6 milyar yıl evvel ortaya çıkan tek bir hücreden evrimleşmiş olması” diyor ve ekliyor:“Bir bakıma, hepimiz akrabayız!”
Haber Sitelerinden Alıntı Yapılmıştır.